Die Chaos Emeralds sind sieben diamanten-artig geschliffene Juwelen aus dem Universum von Sonic the Hedgehog, die nahezu eine unbegrenzte Macht besitzen und mit den Energieelementen des Mega Man Universums zu vergleichen sind.
Dr. Eggman verwendete einen der Sieben, um die Genesiswelle zu beginnen. Sechs weitere wurden benötigt, um eine Super Genesiswelle zu erschaffen, das Zeitkontinuum zu stören und sich eine eigene, neue und alternative Welt zu kreieren.
Hierbei verbündete er sich mit Dr. Wily, der selbst einen der Emeralds in den Lanfront Ruins gefunden hatte und zusammen mit den Roboticized Masters sammelten sie in der Skull Egg Zone alle weiteren Steine. Mega Man und Sonic the Hedgehog kamen den beiden Genies jedoch zuvor, verwendeten die Chaos Emeralds um sich zu Super Sonic und Super Mega Man zu verwandeln und verhinderten eine weitere Genesiswelle (Worlds Collide).